San Francisco de Asís, muerto en 1226, es el iniciador de la familia franciscana. Los Capuchinos nacimos en esta familia en el siglo XVI.A partir del siglo XVII hubo bastantes capuchinos riojanos. Uno de los más conocidos es el P. Mateo de Anguiano.
El 15 de mayo de 1944 los Capuchinos hicieron su entrada en Logroño. El P. Jesús de Cañas hizo la presentación en la Beneficencia. En enero de 1949 pasaron de la Bene a la calle Marqués de Murrieta 56. Una bajera hizo de capilla parroquial albergando ya la parroquia de Valvanera. En 1960 se inauguró el templo actual y el convento de construyó en 1963.
Los Capuchinos dieron importancia a la educación en la Bene y en la escuela de la Parroquia, así como en las de Yagüe. En 1964 se crea la Filial Masculina nº 1 del Instituto Marqués de la Ensenada que en 1973 pasa a ser colegio de EGB de Rey Pastor. Actualmente el Colegio tiene alrededor de 500 alumnos/as y trabaja en coordinación con la Parroquia.
